Usciti dal corridoio, attraverso il piazzale e la grande galleria meridionale, si entra nel torrione della Bandiera al livello del piano degli archibugieri, uguale a quello situato nel torrione dell’Annunziata ma completamente coperto di intonaco e da un pavimento moderno. Il soprastante piano delle cannoniere è tuttora completamente riempito dalla terra utilizzata dagli spagnoli a fine XVI secolo per costruire una piazzola sulla sommità del torrione idonea all’impiego delle artiglierie in barbetta. Le cannoniere, che dovevano essere in origine simili a quelle del torrione dell’Annunziata, sono in gran parte tompagnate e, proprio come sul torrione dell’Annunziata, due cannoniere presentano le caratteristiche mensole in pietra (complessivamente tre mensole) per il supporto dei portelli di protezione.
Nel 2001 è stata resa accessibile la parte inferiore del torrione. Ripide rampe di scale, riaperte appunto in quell’anno, portano nella casamatta ubicata alla base della struttura, passando sotto un architrave certamente precedente la ricostruzione aragonese. Questa casamatta di forma quadrangolare, presenta una marcata differenza tra le pareti, di fattura piuttosto primitiva, e la volta a botte costrui­ta con precisione tipicamente aragonese. È ipotizzabile che le pareti siano ciò che resta di una delle quattro torri medioevali che fronteggiavano la città; di forma quadrangolare e vuota all’interno, la costruzione può essere stata incorporata dagli architetti aragonesi nel nuovo torrione rotondo coprendo l’ambiente con una volta per conferire maggiore robustezza alla struttura e per costituire il piano di calpestio del livello superiore. La casamatta è munita di due feritoie, quasi certamente coeve alle pareti, per la protezione della cortina muraria di ponente e di due piccole casamatte laterali poste a 90° l’una dall’altra verso il Mar Grande, di tipologia aragonese. Il piano di calpestio, coperto di mattonelle novecentesche, è collocato a circa 250 cm sul livello del mare, ad una quota un metro superiore a quella riscontrata negli altri torrioni; uno scavo di saggio, condotto sino alla profondità di circa 100 cm, non ha evidenziato alcun tipo di struttura sottostante ma solo carparo incoerente.
La casamatta è parzialmente scavata nel carparo che è visibile anche ai lati della scala di accesso sino ad una quota di 7-8 metri. Questa caratteristica è stata messa in relazione con le analoghe situazioni riscontrate nella cripta della cappella, alla base dei torrioni dell’Annunziata e di S. Cristoforo e nelle gallerie svevo-angioina e settentrionale ottenendo la configurazione grossolana del banco di carparo intorno al quale è stato ricostruito il castello aragonese. È possibile e probabile però che tale soluzione difensiva, molto conveniente per la robustezza e per la elevazione conferita al castello dal banco di roccia alto media­mente 8-9 metri, sia stata utilizzata anche dalle precedenti opere fortificate costruite nel sito, sempre caratterizzato da elevatissima importanza difensiva per la particolare posizione di guardia all’accesso al Mar Piccolo e alla riva bassa di Taranto. D’altra parte il tratto di muro greco sotto le antiche cucine e nella galleria settentrionale, costruiti proprio lungo il taglio del banco di carparo, ben visibile nella sottostante galleria svevo-angioina, sembrerebbe confermare tale ipotesi e suggerire che forse anche in epoca greca l’acropoli era difesa da una fortificazione situata sullo stesso quadrilatero di roccia ove è situato il castello aragonese.